Και αυτό γιατί το σπήλαιο της Αντιπάρου, εκτός από μαγευτικό φυσικό αξιοθέατο, συνδέεται άρρηκτα με την ιστορία του τόπου ενώ προκαλεί μεγάλο αρχαιολογικό ενδιαφέρον, λόγω των ευρημάτων της λίθινης εποχής που ανακαλύφθηκαν στο εσωτερικό του.
Το «Καταφύγι», όπως το αποκαλούσαν οι ντόπιοι, είναι ένα από τα αρχαιότερα και βαθύτερα σπήλαια των Βαλκανίων. Εκεί μάλιστα λέγεται πως κρύφτηκαν οι Μακεδόνες που συνωμότησαν κατά του Μεγάλου Αλεξάνδρου.
Το σπήλαιο της Αντιπάρου διακοσμείται από σταλακτίτες και σταλαγμίτες, οι οποίοι αλλάζουν μορφή, ανάλογα με την έμπνευση του επισκέπτη. Βρίσκεται 171 μέτρα πάνω από την επιφάνεια της θάλασσας, είναι βαραθρώδες και η θερμοκρασία του το χειμώνα κυμαίνεται στους 15 βαθμούς Κελσίου.
Έχει έκταση περίπου 5.600 τετραγωνικά μέτρα. Το μέγιστο βάθος του φτάνει τα 85 μέτρα περίπου και η κατάβαση γίνεται εύκολα και με ασφάλεια, μέσω τσιμεντένιας σκάλας που αριθμεί 411 σκαλιά. Η, δε, εξαιρετική ορατότητα επιτρέπει την παρατήρηση κάθε λεπτομέρειας που υπάρχει σε αυτό.
Στην είσοδο του σπηλαίου, βρίσκεται το εκκλησάκι του Άη Γιάννη, που έχει δώσει το όνομά του σε ολόκληρη την τοποθεσία, η οποία ονομάζεται βουνάλι του Άη Γιάννη ή Αγιογιαννίτικο βουνό. Επικοινωνεί εσωτερικά με το μικρότερο και παλαιότερο εκκλησάκι της Ζωοδόχου Πηγής.
