Η δεύτερη πτήση, η ΕΚ 209, είχε ήδη απογειωθεί και βρισκόταν πάνω από την Ιταλία (Σαρδηνία), όταν ο πιλότος ειδοποιήθηκε να προσγειωθεί άμεσα. Ωστόσο, ούτε η Γαλλία, ούτε η Ιταλία δέχτηκαν να προσγειωθεί σε κάποιο από τα αεροδρόμιά τους το αεροπλάνο και έτσι αυτό επέστρεψε στην Αθήνα, τόπο εκκίνησης του δρομολογίου.
Δείτε live εικόνα από το αεροδρόμιο “Ελευθέριος Βενιζέλος”
Το αεροπλάνο άλλαξε διαδρομή και πήγαινε μόνο πάνω από τη θάλασσα, αποφεύγοντας να πετάξει πάνω από τη στεριά, συνοδεία δύο μαχητικών F-16 και ενός αεροπλανοφόρου, που απογειώθηκαν από τη βάση της Σούδας.
Το αεροπλάνο της Emirates ήταν 120 μίλια νοτιοδυτικά της Καλαμάτας, όταν δόθηκε εντολή στα μαχητικά να απογειωθούν.
Όλα άρχισαν όταν η CIA έστειλε την πληροφορία στην ΕΥΠ ότι σε μια από τις δύο πτήσεις της Emirates επιβαίνει Άραβας ύποπτος για τρομοκρατία. Αμέσως υπήρξε μεγάλη κινητοποίηση με την πτήση για Ντουμπάι να μην απογειώνεται ποτέ.
Οι επιβάτες ενώ ήταν στο αεροσκάφος και ετοιμάζονταν για την απογείωση ειδοποιήθηκαν ότι η διαδικασία σταματά και πρέπει να αποβιβαστούν παίρνοντας μαζί τους και τα προσωπικά τους αντικείμενα.
Όπως ήταν φυσικό στο αεροδρόμιο σήμανε συναγερμός με την αστυνομία και την αντιτρομοκρατική να βρίσκονται σε ετοιμότητα.
Οι επιβάτες της πτήσης για Ντουμπάι αντί να πάνε σε αίθουσα αναμονής, υποβλήθηκαν σε εξονυχιστικό έλεγχο παρουσία αστυνομικών, και στη συνέχεια το αεροσκάφος αναχώρησε.
