Στα αντιπλημμυρικά έργα των δύο νησιών περιλαμβάνεται ο καθαρισμός τμημάτων των ρεμάτων τους.
Συγκεκριμένα, ανάδοχος του έργου στη Φολέγανδρο είναι η εταιρεία «Κάργιος Ιωάννης» και για το έργο στη Σίκινο η τεχνική εταιρεία «INTERCON ΚΑΤΑΣΚΕΥΕΣ Ι.Κ.Ε.».
Η χρηματοδότηση των εν λόγω έργων πραγματοποιείται από την Περιφέρεια Νοτίου Αιγαίου και πιο συγκεκριμένα από το εγκεκριμένο έργο «Αντιπλημμυρική προστασία νησιών ΠΕ Κυκλάδων (Χρήση 2021-2023)», μέσω του οποίου κατέστη δυνατόν να υπάρχουν συνεχώς ενεργές συμβάσεις που επιτρέπουν την έγκαιρη δράση απέναντι στα καιρικά φαινόμενα για την αντιμετώπιση του κρίσιμης σημασίας ζητήματος της αντιπλημμυρικής προστασίας των νησιών.
