Νέα γονιδιακή ανάλυση του νέου κορωνοϊού SARS-CoV-2 με τη χρήση περίπλοκων βιοπληροφορικών αλγόριθμων, η οποία στηρίχθηκε σε δείγμα κορονοϊού από τρεις Κινέζους ασθενείς, φέρνει την επιστήμη ένα βήμα πιο κοντά στην ανακάλυψη πιο αποτελεσματικών φαρμάκων, τεστ και εμβολίων.
Ομάδα ερευνητών με επικεφαλής της μελέτης τον Τιμοκράτη Καραμήτρο, ερευνητή στο Ελληνικό Ινστιτούτο Παστέρ και υπεύθυνο της Μονάδας Βιοπληροφορικής και Εφαρμοσμένης Γενωμικής, κατάφερε να αποκωδικοποιήσει την γενετική πολυπλοκότητα του νέου κορονοϊού και τους μηχανισμούς που χρησιμοποιεί για να “ξεφεύγει” της ανοσολογικής απάντησης. Η μελέτη έχει ήδη κατατεθεί και αναμένει έγκριση δημοσίευσης διεθνές από το επιστημονικό περιοδικό Journal of Clinical Virology.
Μιλώντας αποκλειστικά στο iatropedia.gr ο ερευνητής του Ινστιτούτου Παστέρ, κ. Τιμοκράτης Καραμήτρος, μιλά γι’ αυτήν την πρωτοποριακή ανακάλυψη:
“Για πρώτη φορά μιλάμε για ανακατατάξεις του γονιδιώματος του συγκεκριμένου ιού. Για τον συγκεκριμένο ιό δεν είχαν περιγραφεί μέχρι σήμερα ανασυνδυασμοί στο γονιδίωμά του και χρειάστηκε να αναπτύξουμε εξεζητημένους βιοπληροφορικούς αλγόριθμους για τη συγκεκριμένη ανάλυση”.
Κορονοϊός: Τι έδειξε η μελέτη των επιστημόνων του Παστέρ
Αναλύοντας με ειδικούς αλγόριθμους τον κορωνοϊό SARS-CoV-2, οι ερευνητές ανακάλυψαν ότι το γονιδίωμά του εμφανίζει κάποιες μεταλλαγές (μεταλλάξεις). Πρόκειται για έναν μηχανισμό που δίνει στον ιό πλεονέκτημα στην ικανότητα του να πολλαπλασιάζεται και να διαφεύγει της ανοσολογικής απάντησης. Αυτός είναι και ο λόγος που το θέμα της ανοσίας απέναντι στον ιό έχει δυσκολέψει τους επιστήμονες στην διαδικασία παραγωγής φαρμάκων, εμβολίων και διαγνωστικών τεστ.
Με απλά λόγια, όταν ο ασθενής κάνει αντισώματα, ο ιός μέσα από τις μεταλλαγές αυτές αλλάζει το “προφίλ” του και παύουν τα αντισώματα να τον αναγνωρίζουν, όπως μας εξηγεί ο επιστήμονας:
“Ουσιαστικά ορισμένες από αυτές τις αλλαγές που συμβαίνουν, δίνουν πλεονέκτημα στην ικανότητα του ιού να πολλαπλασιάζεται και να διαφεύγει της ανοσολογικής απάντησης. Δηλαδή εάν ο ασθενής κάνει κάποια αντισώματα, για παράδειγμα του ιού, αυτός μέσω των συγκεκριμένων μεταλλαγών που κάνει σ’ αυτή τη διαδικασία, αλλάζει λίγο το προφίλ του και παύουν αυτά τα αντισώματα να τον αναγνωρίζουν”.
Οι σημειακές (μικρές) αλλαγές στη βάση του DNA είναι συνηθισμένες στους κορωνοϊούς, καθώς επίσης και οι δομικές αλλαγές που καταφέρνουν, δηλαδή η ικανότητά τους να αλλάζουν ολόκληρα τμήματα του DNA τους, αναφέρει ο ερευνητής Τιμοκράτης Καραμήτρος:
“Είναι χαρακτηριστικό των κορωνοϊών. Πέρα από τις σημειακές (μικρές) αλλαγές, που αλλάζουν οι βάσεις του DNA, τα γράμματα του DNA ένα προς ένα, έχουμε και δομικές αλλαγές, δηλαδή ολόκληρα τμήματα του DNA του αντιστρέφονται, αναδιατάσσονται και κάνουν τους λεγόμενους ανασυνδυασμούς. Αυτό συμβαίνει σε αρκετούς κορωνοϊούς, είναι χαρακτηριστικό τους. Ετσι ανταλλάσσουν και τμήματα μεταξύ τους, χάνουν τμήματα, κερδίζουν κομμάτια, δηλαδή κάνουν μια ανταλλαγή και ανακατάταξη του γονιδιώματός τους”.
Κορονοϊός: Πως θα βοηθήσει τους επιστήμονες παγκοσμίως αυτή η νέα ανακάλυψη
Όταν μια περιοχή του γονιδιώματος είναι ευμετάβλητη, ευμετάβλητη θα είναι και η πρωτεϊνη που θα παράγει. Αρα οι επιστήμονες μέχρι σήμερα δεν κατάφερναν ούτε να στοχεύσουν σ’ αυτήν, ούτε να την απενεργοποιήσουν, ούτε να την ανιχνεύσουν, αναφέρει ο επιστήμονας συμπληρώνοντας ότι η εστίαση στις σταθερές περιοχές του γονιδιώματος του ιού είναι το “κλειδί” για την καλύτερη κατανόησή και αντιμετώπισή του:
“Προτιμούμε τις σταθερές περιοχές του γονιδιώματος για να έχουν επαναληψιμότητα οι μελέτες μας, ευαισθησία τα τεστ κλπ.”
Με τη γνώση αυτή οι επιστήμονες κατάφεραν τώρα να εστιάσουν στα σταθερά τμήματα του γονιδιώματος του νέου κορωνοϊού SARS-CoV-2 και να τα καταγράψουν, σύμφωνα με τον κ. Καραμήτρο:
“Με το να εντοπίσουμε ποια τμήματα του γονιδιώματος είναι πιο σταθερά, ποιες περιοχές δηλαδή παραμένουν πιο σταθερές μέσα στον ξενιστή, δηλαδή δεν ανασυνδυάζονται και κάνουν και λιγότερες σημειακές μεταλλαγές, επιλέγοντας αυτές τις περιοχές μπορούμε να στοχεύσουμε συγκεκριμένα αντιιικά φάρμακα, συγκεκριμένα διαγνωστικά τεστ και τον σχεδιασμό εμβολίων με βάση αυτές τις περιοχές”, εξηγεί ο ερευνητής.
Μέλος του μητρώου
