Μετά τον ex officio πρόεδρο του Ιδρύματος, Μητροπολίτη Σύρου Δωρόθεο Β', η Εκκλησία της Ελλάδος στρέφεται και αυτή με τη σειρά της κατά της από 27.7.2018 απόφασης της συντονιστικής επιτροπής αποκεντρωμένης διοίκησης Αιγαίου σχετικά με τις εκλογές στην διοικούσα επιτροπή του εν λόγω Ιδρύματος.
Επιπρόσθετα, η Εκκλησία της Ελλάδος στρέφεται και κατά της από 22.10.2018 συνεδρίασης της διοικούσας επιτροπής του επίμαχου Ιδρύματος κατά το σκέλος εκείνο που αφορά στην εκλογή του αντιπρόεδρου και γενικού γραμματέα της διοικούσας επιτροπής.
Συγκεκριμένα, ζητεί η Εκκλησία της Ελλάδος να κηρυχθεί ως αντισυνταγματική η τροπολογία που καθαίρεσε την προηγούμενη διοίκηση και αφαίρεσε το δικαίωμα στον εκάστοτε μητροπολίτη Σύρου να έχει ψήφο κατά την ψηφοφορία εκείνης από την οποία προκύπτει ο αντιπρόεδρος και ο γενικός γραμματέας του ΠΙΙΕΤ.
Υποστηρίζει ότι το άρθρο 48 του νόμου 4521/2018 παραβιάζει την θρησκευτική αυτονομία της Εκκλησίας έναντι του κράτους και την αρχή της θρησκευτικής ουδετερότητας του κράτους, με την έννοια της μη επέμβασης του κράτους σε εσωτερικά θρησκευτικά ζητήματα, όπως την προβλέπει η Ευρωπαϊκή Σύμβαση Δικαιωμάτων του Ανθρώπου (ΕΣΔΑ).
Ειδικότερα, υποστηρίζει ότι παραβιάζονται τα άρθρα 3, 12 και 13 του Συντάγματος, καθώς πλήττεται η θρησκευτική αυτοδιοίκηση της Εκκλησίας της Ελλάδος ως συλλογικό δικαίωμα.
Ακόμη, παραβιάζονται τα άρθρα 9, 11 και 14 της ΕΣΔΑ που κατοχυρώνουν την θρησκευτική αυτονομία της ορθόδοξης Εκκλησίας της Ελλάδος και την αρχή της θρησκευτικής ουδετερότητας του κράτους.
Η αίτηση ακύρωσης του Μητροπολίτη Σύρου, κ.λπ. έχει προσδιοριστεί να συζητηθεί την 7η Δεκεμβρίου 2018 στην Ολομέλεια του ΣτΕ και αναμένεται την ίδια ημερομηνία να προσδιοριστεί και η αίτηση της Εκκλησίας της Ελλάδος.
