Η χρηματοδότηση του έργου εν συνεχεία αυξήθηκε σε 1.075.723,00 ευρώ.
Είναι έργο το οποίο αναμένεται να προσφέρει πολλαπλά οφέλη στο νησί, καθώς για πρώτη φορά στα χρονικά της Κύθνου η πολιτιστική της κληρονομιά αποκτά στέγη σε ένα σύγχρονο μουσείο και γίνεται προσβάσιμη σε κάθε μελετητή και επισκέπτη. Το Αρχαιολογικό Μουσείο θα στεγαστεί στο κτίριο του Παλαιού Δημοτικού Σχολείου, ένα αναξιοποίητο νεοκλασικό κτίριο, που για τον σκοπό αυτό, παραχωρήθηκε από τον Δήμο Κύθνου στο ΥΠΠΟΑ, στο οποίο θα γίνει η μόνιμη έκθεση των πλούσιων αρχαιολογικών ευρημάτων, που ήρθαν στο φως από το 2002 μέχρι σήμερα.
Η μόνιμη έκθεση του μουσείου θα περιλαμβάνει εκθέματα από τον μεσολιθικό οικισμό του Μαρουλά και από άλλες προϊστορικές θέσεις, από την αρχαία πόλη και τη νεκρόπολη των ιστορικών χρόνων (Βρυόκαστρο), αλλά και από την «εκτός άστεως» ύπαιθρο χώρα των ιστορικών χρόνων. Επιπλέον, θα εκτεθούν και ευρήματα των Βυζαντινών και Μεταβυζαντινών χρόνων. Παράλληλα, θα γίνουν η συντήρησή των αρχαίων αντικειμένων (κεραμικών, μεταλλικών αντικειμένων, γλυπτών, αρχιτεκτονικών μελών, κ.λπ.) και σχεδιαστικές αποτυπώσεις αντικειμένων και αρχαιολογικών χώρων.
Το έργο έχει σημαντικά στοιχεία πρωτοπορίας και καινοτομίας, καθώς αποτελεί την συνδυασμένη εφαρμογή της αποκατάστασης ενός νεοκλασικού κτηρίου, φορέα του ίδιου ιστορικής και πολιτιστικής αξίας και η αξιοποίηση–διαχείρισή του με τους κανόνες ενός σύγχρονου μουσειακού χώρου, που θα περιλαμβάνει σύγχρονο σχεδιασμό της έκθεσης, εκθεσιακό φωτισμό, χρήση πολυμέσων κ.τ.λ. Η συνέργεια αυτή μπορεί να αποτελέσει μια πρόταση για τα κτήρια, που χρησιμοποιούνται ως Μουσεία, ιδιαίτερα σε περιοχές με μικρή αρχιτεκτονική κλίμακα, που δεν «χωρούν» ογκώδη οικοδομήματα και να συμβάλει καθοριστικά στη βελτίωση του οικιστικού και φυσικού περιβάλλοντος των νησιών των Κυκλάδων.
Η ενημέρωση του κοινού - τοπικής κοινωνίας και επισκεπτών - θα είναι δυνατή και από την ιστοσελίδα του Δήμου Κύθνου ενώ θα υπάρχει συνεχής προβολή του Μουσείου μέσα από τον επίσημο ιστότοπο του Υπουργείο Πολιτισμού και Αθλητισμού (κόμβος ΟΔΥΣΣΕΑΣ).
Ο σχεδιασμός του έργου προβλέπει και τη διοργάνωση εκπαιδευτικών προγραμμάτων, εκδηλώσεων στον χώρο της αυλής, θεματικών ξεναγήσεων κ.ά, ώστε το Μουσείο να αποτελέσει κέντρο πολιτιστικών και εκπαιδευτικών δραστηριοτήτων για το νησί. Ακόμα, εκδηλώσεις για την προβολή του Μουσείου θα γίνουν και σε συνεργασία με το Δήμο και άλλους τοπικούς φορείς του νησιού (π.χ. πολιτιστικούς συλλόγους). Έτσι, το Μουσείο γίνεται ένας καταλυτικός παράγοντας για την αναβάθμιση της ποιότητας ζωής και η ιστορία της Κύθνου γίνεται ένα ζωντανό κομμάτι της καθημερινότητας του νησιού.
Οι εργασίες υλοποιούνται με ίδια μέσα από την Εφορεία Αρχαιοτήτων Κυκλάδων. Το έργο είναι ενταγμένο στον Άξονα Προτεραιότητας «Ενίσχυση της περιφερειακής συνοχής» του Ε.Π. «Νότιο Αιγαίο» και συγχρηματοδοτείται από το Ευρωπαϊκό Ταμείο Περιφερειακής Ανάπτυξης, στο πλαίσιο του ΕΣΠΑ 2014 – 2020.