Σύμφωνα με τους δικαστές, βασικό στοιχείο που καθιστά τη Χρυσή Αυγή εγκληματική οργάνωση είναι η ιεραρχική δομή της, με επικεφαλής τον αρχηγό της, Νίκο Μιχαλολιάκο, τους βουλευτές του κόμματος, οι οποίοι είχαν οριστεί και περιφερειάρχες σε συνενωμένες μεγάλες εκλογικές περιφέρειες για το συντονισμό των δράσεων, και τέλος τους υπεύθυνους κάθε τοπικής οργάνωσης, που αποκαλούνταν πυρηνάρχες.
Στο σκεπτικό γίνεται λόγος για «απαρέγκλιτη, τυφλή και απόλυτη πειθαρχία» των κατωτέρων στους ανωτέρους, αλλά και για «απόλυτη, απεριόριστη και αδιαμφισβήτητη εξουσία και πίστη στον αρχηγό, που ανάγεται σε επίπεδο μεταφυσικό».
Περιγράφεται αναλυτικά η επιχειρησιακή δράση της Χρυσής Αυγής έναντι τρίτων, αλλά και η ύπαρξη ομάδων ατόμων που συμμετείχαν σε παραστρατιωτικές εκπαιδεύσεις, έφεραν ομοιόμορφη στρατιωτική ενδυμασία, κατείχαν σχεδόν όλοι παράνομα όπλα, μαχαίρια, κοντάρια, ξύλα και σίδερα.
Για εκτέλεση συγκεκριμένου σχεδίου έκαναν λόγο οι δικαστές αναφερόμενοι στη δολοφονία του Παύλου Φύσσα, εξηγώντας πως «ο Παύλος Φύσσας δεν πρόλαβε να αντιδράσει απέναντι στον Ρουπακιά, ο οποίος ενεργώντας βάσει σχεδίου κινήθηκε κυκλωτικά, σε σχέση με τους υπόλοιπους επιτιθέμενους χρυσαυγίτες, που με τα αλλεπάλληλα κύματα επιθέσεων σε βάρος του Παύλου Φύσσα ανέμεναν τον Ρουπακιά να έρθει από διαφορετική κατεύθυνση και να αιφνιδιάσει τον Παύλο Φύσσα, όπως και έγινε. Ο εν λόγω δράστης δεν είχε οποιαδήποτε προσωπική σχέση, αντιπαλότητα, αντιδικία ή αντιπαράθεση με το θύμα, αλλά η εγκληματική του ενέργεια αποτέλεσε εκτέλεση συγκεκριμένου σχεδίου και εντολής. Συνάγεται αβίαστα ότι το σχέδιο επίθεσης σε βάρος του ήταν στοχευμένο και οργανωμένο».
Ειδική μνεία γίνεται στον Ηλία Κασιδιάρη, που του αποδίδεται ρόλος εκπαιδευτή, ενώ αναφέρεται πως τα θύματα «επιλέγοντό ανάμεσα σε κατηγορίες ανθρώπων που είχαν χαρακτηριστεί ως «εχθροί» (πρόσφυγες, μετανάστες, πολιτικοί αντίπαλοι κι άλλα). Η στοχοποίηση εκφραζόταν μέσω της ρητορικής μίσους, που στη συνέχεια γινόταν πράξη μέσα από τις επιθέσεις των ταγμάτων εφόδου».